檢查井是否應該從海南市政汙水管網土方回填工程量中扣除？

扣除。據官網查詢，海南省人民政府在計算市政汙水管道時，回填工程中應扣除管道和構築物的體積以及各種檢查井、水閘井、熱力室的外體積。土方回填是建築工程的填土，主要包括地基填土、基坑或管溝回填、室內地面回填、室外場地回填等。