1.制作文書的法律依據不同:制作監獄起訴意見書的法律依據是我國刑事訴訟法第221條，而制作公安起訴意見書的法律依據是我國刑事訴訟法第129條。
2.制作主體不壹樣，簽名也不壹樣:監獄起訴意見書只在末尾加蓋公章，沒有加蓋負責人的印章。公安機關的起訴意見書由公安局長蓋章並加蓋公章。