黔東南州醫療保障局是黔東南州苗族侗族自治州人民政府的職能部門，負責全州醫療保險、生育保險、醫療救助等社會保障工作。
根據州政府授權，依據國家有關法律法規和政策，負責組織實施全州醫療保險、生育保險、醫療救助等社會保障工作，制定和實施醫療保險政策，管理和使用醫療保險基金，監督管理醫療保險服務，制定和實施醫療救助政策。