如果用人單位申請勞動仲裁，勞動者敗訴，要承擔的後果主要看用人單位要求仲裁什麽。如果要求員工支付違約金，員工應在仲裁裁決作出後支付。
法律客觀性:
《勞動爭議調解仲裁法》第四十七條規定:下列勞動爭議的仲裁裁決，除本法另有規定外，為終局裁決，自作出之日起發生法律效力: (壹)追償勞動報酬、工傷醫療費、經濟補償或者賠償金等不超過當地最低月工資十二個月的爭議；(二)因執行國家勞動標準在工作時間、休息休假、社會保險等方面發生的爭議。