如果當事人只提供孤證，即不能證明款項形成過程的證據，法院可以考慮證據的可信度、有效性，是否能證明當事人的主張。如果孤立的證據不能證明當事人的主張，法院可以拒絕接受該證據。
因此，不能證明該款項形成過程的孤立證據不能作為定案的依據，當事人需要提供更加充分、可信的證據來支持自己的主張。如果不能提供充分的證據，法院可以依法對當事人的結果作出不利的裁決。