1.設立不同機關:派出機構由縣級以上地方人民政府經主管部門批準設立，設立程序和授權明確。該機構由縣級以上人民政府職能部門根據工作需要設立，其設立更多地取決於工作的具體需要。
2.法律地位不同於行政主體資格:派出機構作為行政機關，具有行政主體資格和獨立的法律地位，可以獨立承擔法律責任。本質上，派出機構屬於行政機關，是設立它的行政機關的內設組成單位。除非法律法規明確授權，原則上不具有獨立的法律地位和行政主體資格。
3.職能範圍不同:派出機構的職能通常是多方面或綜合性的，相當於壹級政府，可以處理廣泛的行政事務。派出機構的職能更加具體和專業化，主要限於管理壹項具體的行政事務。