是的，雙重國籍入境系統會自動查出。
留存出入境人員的生物特征信息是加強出入境管理的重要措施。目前，包括美國、日本和新加坡在內的許多國家都實施了這壹措施。生物特征信息不僅包括指紋，還包括人臉、虹膜等人體特有的生理特征。
中國邊檢機關將在對外開放的口岸對14(含)至70(含)年齡分批入境的外國人留存指紋。只需要將入境指紋與國內身份證的指紋記錄進行核對，就能發現是否重合。壹經查出，已入籍國外但未註銷國內戶籍者，將予以處理。
法律依據:
《中華人民共和國國籍法》第三條中華人民共和國不承認中國公民具有雙重國籍。