主要是功能不同。森林公安局是專門保護森林和野生動物資源、保護生態安全、維護林區社會秩序的重要力量；普通公安局的業務可以簡單分為:刑事、治安、交管、消防、出入境、人口管理、國內治安等等。
法律依據:
《中華人民共和國人民警察法》第十九條人民警察在非工作時間，應當在職責範圍內遇有緊急情況時執行職務。