八旗制度是以努爾哈赤的記載為基礎的軍民融合的制度。政治權力集中於王公貴族，重大決策由王公貴族商議決定，是滿洲與王議政的會議。天聰五年(公元1631)，皇太極皇後仿明朝制度設置六部，試圖逐步削弱滿清貴族的權力。皇帝集權的努力主要集中在清初。
順治七年(公元1650年)，順治皇帝改革八旗制度，親自掌握黃旗、黃旗、白旗，形成“上三旗”和“下五旗”，改變了八旗由不同諸侯把持的局面，加強了上三旗的實力，削弱了滿洲大臣會議的權力。
經濟上把關外落後的奴隸制帶進中原，大力推行圈地、占地、逃地等惡政，強迫人民做奴隸，讓八旗子弟白吃俸祿。他們常年的寄生生活導致了清朝武裝力量的倒退，使清朝越來越依賴漢軍。
清朝初期，清軍主要分為八旗和綠營。八旗分為滿清八旗、蒙古八旗和漢軍八旗。旗設在都統(孤山額濟納)，由八普徐彤中央政府控制，地方總督無權征收。綠營兵，主要是清軍入關後明朝和各省整編的隊伍，使用的是綠旗，所以被稱為綠旗兵或綠營兵。兵種是騎兵、步兵和海軍。在各省，總督、巡撫、提督、連長等都是負責人。