但是我不太明白。申請仲裁主要想主張什麽樣的權利？
如果妳想追回公司欠妳的可報銷費用，那麽只要妳證件齊全，妳的村註肯定會得到仲裁支持。
至於剩下的，因為公司沒有和妳簽訂書面合同，妳只能要求賠償11個月的工資(2008年2月以後，11個月給妳雙倍工資)。不能因為自己離職就要求經濟補償。
因為妳和所謂的B公司的合同從來沒有訂立過，如果妳申請仲裁，對方應該是妳2007年加入的A公司。
另外，回答妳關於薪資的部分:
《勞動合同法實施條例》第二十七條
《勞動合同法》第四十七條規定的經濟補償金的月工資，按照勞動者應得的工資計算，包括計時工資或者計件工資以及獎金、津貼、補貼等貨幣收入。勞動者在解除或者終止勞動合同前12個月的平均工資低於當地最低工資標準的，按照當地最低工資標準計算。勞動者工作不滿12個月的，按照實際工作月數計算平均工資。
很清楚，如果要計算報酬的話，所謂的“工資”部分包括了資金、津貼等所有的“貨幣收入”。