1，兩種分配方式有不同的產權主體，按勞分配的產權主體只能是公有制，按生產要素分配方式適用於各種產權主體(個體、私營、外資等。)包括公有制；
2.這兩種分配方式的地位是不同的。在社會主義市場經濟條件下，按勞分配方式起主導作用，這壹點是不可動搖的。按生產要素分配只是與按勞分配並存的多種方式之壹，應該與按勞分配相結合；
3.這兩種分配模式遵循不同的原則。按勞分配原則是公平優先原則，缺點是忽略了市場因素和效率的影響。按生產要素分配的原則是效率優先的原則。壹切要素都要通過市場擇優配置，市場決定分配。高效率必然會取得高成果。受益和高回報，其缺點是忽視非市場因素和公平性。按生產要素分配的客觀結果是社會成員之間收入差距的擴大；
4.兩種發行方式的發行對象不同。按勞分配的對象只是個人收入分配，而按生產要素分配的對象既是個人收入分配(如果要素所有權屬於公民個人)，也是國民收入分配(如果要素所有權屬於國家和集體)。
法律依據:
《中華人民共和國憲法》第六條
中華人民共和國的社會主義經濟制度的基礎是生產資料的社會主義公有制，即全民所有制和勞動群眾集體所有制。社會主義公有制消滅人剝削人的制度，實行按勞分配、各盡所能的原則。在社會主義初級階段，國家堅持公有制為主體、多種所有制經濟共同發展的基本經濟制度，堅持按勞分配為主體、多種分配方式並存的分配制度。