根據《中華人民共和國社會保險法》的規定，用人單位應當自用工之日起30日內為職工登記繳納社會保險費。用人單位未按照規定為職工辦理社會保險登記或者未按時足額繳納社會保險費的，職工可以向社會保險行政部門投訴，要求用人單位補繳社會保險費並繳納相應的滯納金。
因此，如果用人單位在員工入職三個月後才為其辦理登記並繳納社會保險費用，那麽用人單位應當承擔相應的滯納金和罰款。具體賠償金額需要根據實際情況計算。可以咨詢當地社會保險行政部門或者勞動監察部門了解具體情況和要求。
綜上所述，用人單位應當自用工之日起30日內為員工辦理社會保險登記並繳納社會保險費。用人單位未按照規定辦理社會保險登記或者未按時足額繳納社會保險費的，職工可以向社會保險行政部門投訴，要求用人單位補繳社會保險費並繳納相應的滯納金和罰款。具體賠償金額需要根據實際情況計算。
法律依據:
《中華人民共和國社會保險法》第五十八條規定:“用人單位應當自用工之日起30日內為職工辦理社會保險登記。未辦理社會保險登記的，由社會保險經辦機構核定其應當繳納的社會保險費。”
《中華人民共和國社會保險法》第六十三條規定:“用人單位未按時足額繳納社會保險費的，由社會保險費征收機構責令限期繳納或者補足。”
《中華人民共和國社會保險法》第八十四條規定:“用人單位未辦理社會保險登記的，由社會保險行政部門責令限期改正；逾期不改正的，對用人單位處以應繳社會保險費金額壹倍以上三倍以下的罰款，對直接負責的主管人員和其他直接責任人員處以五百元以上三千元以下的罰款。”