1.特許經營備案查詢通過商務部官網或省級商務主管部門進行；2、從事省級特許經營活動的，應向所在地省級商務主管部門備案；3、跨省範圍從事特許經營活動的，應向國務院商務主管部門備案；4.商業特許經營備案信息通過商務部建立的商業特許經營信息管理系統在全國聯網，公眾可以在系統中查詢備案信息。
商業特許經營的監管機構:
1，國家市場監督管理總局:負責商業特許經營的全國監管；
2.省級市場監督管理局:負責本行政區域內商業特許經營的監管；
3.市、縣級市場監督管理局:履行本地區商業特許經營監管任務；
4.商務部:負責制定商業特許經營的相關政策和規範；
5.工商局:在商業特許經營備案中承擔壹定的管理和服務職能。
綜上所述，查詢商業特許經營備案的企業應根據經營範圍，通過商務部或各省級商務主管部門的官方網站進行備案查詢，商務部建立的商業特許經營信息管理系統實現了全國聯網備案，方便公眾網上查詢相關備案信息，保證了查詢的便捷性和信息的透明性。
法律依據:
中華人民共和國商業特許經營管理條例
第十三條
特許經營合同生效後，特許人應當在30日內向商務主管部門提出申請，並提交與特許經營合同相關的材料。商務主管部門應當自備案申請材料齊全之日起60日內，依照本條例和有關法律、行政法規的規定，對特許經營合同及其附件進行審查，並將審查結果告知備案申請人。