主要有以下四種疏通方法。水力疏浚法。水力清淤主要是指用水力方法疏浚水庫。這種方法是最常用的，在水庫建設之初，壹般由設計單位在主體工程中考慮。水力法的優點是清淤工程不需要提前放空水庫，停止運行。在清淤過程中，水庫可以照常運行。這種方法的缺點是清淤只能限制清淤，在洪水時可能會使挖出來的部分再次淤塞。
幹疏浚法進行疏浚。幹疏浚法，顧名思義就是在水庫完全排空後進行疏浚。而且這種方法弊大於利。這種方法的優點:容易掌握挖泥量(可以看到坑底，也可以準確知道邊坡的挖泥量)。清除的淤泥可以直接運輸和堆放。缺點:這種疏通方式本身沒有缺點，只有無法估量的風險。下雨時，現場機械設備無法運行；深厚淤泥中的排沙速度難以估計，會導致工程啟動時間的不確定性；在整個疏浚過程中，水庫必須停止運行。
虹吸疏通。虹吸疏通是指虹吸排水涵洞工作時，先排除涵洞內的空氣，使涵洞內形成真空。此時涵洞起虹吸作用，使水庫中的水和沙從涵洞入口上升到涵洞頂部，從而不斷向下遊涵洞出口流出。側向侵蝕和清淤。橫向侵蝕是利用死水庫特有的高灘深槽形態，依靠強大的重力侵蝕和水力侵蝕，將淤泥灘剝離搬運。具體方法是在水庫頭部河床或庫區支流溝口設置低壩(閘)止水，將河水攔截到水庫周圍修建的渠道或管道中，從制高點沖刷淤泥灘。