但稅務機關在稅務檢查過程中需要遵守法律法規，包括隱私保護方面的法律法規。根據《中華人民共和國稅收征收管理法》的規定，稅務機關及其工作人員應當保守納稅人的商業秘密和個人隱私，不得泄露、出售或者非法獲取、使用納稅人的商業秘密和個人隱私。同時，根據《稅務行政處罰法》規定，稅務機關應當按程序進行稅務檢查，依法取得相應的執法權限，執法有法律依據。
因此，在實踐中，稅務機關進行稅務檢查時，並不是隨意獲取企業的電子憑證，而是需要按照法律、法規和程序進行操作。壹般情況下，企業的電子證書只有在稅務機關提出合法請求或法定程序後才能查看或復制。
綜上所述，稅務雙隨機自查可以獲取企業的電子證書，但需要依法操作，遵守相關法律法規，保護納稅人的商業秘密和個人隱私。如果需要具體信息，建議妳與當地稅務機關溝通確認。