1.醫療糾紛協議具有法律效力。其性質屬於民事合同中的無名合同。只要醫療糾紛調解協議能夠反映患者和醫療機構的真實意思表示，沒有故意隱瞞嚴重醫療過失、脅迫、乘人之危和明顯顯失公平的違反法律法規強制性規定的行為，就是有效的。
2.法律依據:《醫療事故處理條例》第四十三條。
醫療事故爭議經雙方協商解決的，醫療機構應當在協商解決之日起7日內向當地衛生行政部門提出書面報告，並附協議書。
二、醫療糾紛處理流程是怎樣的？
醫療糾紛處理流程如下:
1，醫患溝通。醫療機構和醫務人員有尊重患者知情權的義務，應當對患者病情和診療情況進行專業說明，加強與患者溝通，消除誤解，化解矛盾；
2.調解。醫患雙方經過溝通達成協議，遵循合法、合理、自願原則的，應當簽訂協議，由醫患雙方簽字蓋章；
3.第三方調解。醫療糾紛可以由衛生行政部門委托第三方調解。第三方處於中間地位，通過規範教育，說服、引導當事人在平等自願的基礎上達成調解協議；
4.如果不能成功調解醫療糾紛，可以進行司法鑒定，確定是否構成醫療事故，醫療事故的級別是什麽。根據司法鑒定結果，走法律程序處理。