第壹個區別是是否屬於舉國體制。備案制是合同制，體制外，不正規。編制在體制內，正規。
第二個區別是單位和員工相互選擇的權利。備案制，單位和職工相互選擇的範圍更大；在編制內，單位和職工相互選擇的範圍很小。
第三，社會保障存在差異。在備案制下，員工可以根據當地相關勞動法享受五險(即養老保險、醫療保險、失業保險、工傷保險和生育保險)社保，但沒有兩金(住房公積金和職業年金)。
在編制內，職工享受的工資福利按人社部門規定的標準計發，可享受兩金五險(即養老保險、醫療保險、失業保險、工傷保險、生育保險、住房公積金、職業年金)社保。
第四個區別是工作的穩定性。備案制度相對穩定。在編制內，很穩定。
區別五，享受工資待遇。備案制提高了合同工的待遇。在編制上，高於備案制工作人員。
法律依據:
國務院關於工人退休、退職的暫行辦法第壹條全民所有制企業事業單位、黨政機關和群眾團體的工人，符合下列條件之壹的，應當退休。
(壹)男年滿60周歲，女年滿50周歲，連續工齡滿十年。
(二)從事井下、高空、高溫、特別繁重體力勞動或者其他有害健康的工作，男年滿五十五周歲，女年滿四十五周歲，連續工齡滿十年的。
這壹規定也適用於工作條件與工人相同的基層幹部。
(三)男年滿五十周歲，女年滿四十五周歲，連續工齡滿十年，經醫院證明並經勞動鑒定委員會確認，完全喪失勞動能力的。
(四)因工致殘，經醫院證明，並經勞動鑒定委員會認定，完全喪失勞動能力的。