兩者最本質的區別是，《中華人民共和國治安管理處罰法》在法律位階上屬於國家法律，由全國人大制定頒布，法律效力最高，而《中華人民共和國治安管理處罰條例》在法律位階上屬於部門規章，由國務院有關部門(公安部)制定頒布，法律效力較低。
最後，原則上在《中華人民共和國治安管理處罰法》頒布後，治安管理處罰關系將由該法調整，《中華人民共和國治安管理處罰條例》將失效。