合夥企業股權轉讓所得屬於合夥企業生產經營所得。按照“先分所得後納稅”的原則，對於個人投資者，根據個人所得稅法中“個體工商戶生產經營所得”的應稅項目，適用5% ~ 35%的五級超額累進稅率計算征收個人所得稅；公司制企業的投資者，按照適用稅率繳納企業所得稅。壹些地方為鼓勵股權投資合夥企業，關於“個人合夥人在合夥股權基金中取得的所得”，不執行合夥事務的個人合夥人按照“財產轉讓所得”征收20%的個人所得稅，執行合夥事務的個人合夥人按照“個體工商戶生產經營所得”征收5%至35%的累計所得稅。如《上海市金融辦、上海市工商行政管理局、國家稅務局、地方稅務局關於本市股權投資企業工商登記的通知》(滬金融辦通[2021]3號)規定，自然人普通合夥人執行有限合夥企業的合夥事務，按照《中華人民共和國個人所得稅法》及其實施條例的規定，視同“個體工商戶的生產經營所得”。不執行有限合夥企業合夥事務的自然人有限合夥人，按照《中華人民共和國個人所得稅法》及其實施條例的規定，按照“利息、股息、紅利所得”應稅項目，按照20%的稅率繳納個人所得稅。有的地方對股權投資合夥企業的自然人合夥人統壹按照20%的稅率征收個人所得稅。例如，北京市《關於促進股權投資基金業發展的意見》(京金融辦[2021]5號)規定，個人合夥人在合夥股權基金中取得的所得，按照“利息、股息、紅利所得”或者“財產轉讓所得”征收個人所得稅，稅率為20%。
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