1.建在耕地上的違章房屋必須拆除。國家保護耕地，嚴格控制耕地轉為非耕地。占用耕地建房的，由縣級以上人民政府有關部門責令退還非法占用的土地，限期改正或者治理，限期拆除。
2.法律依據:
《土地管理法》第七十五條違反本法規定，占用耕地建窯、建墳，或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采礦、取土，破壞種植條件，或者因土地開發造成土地沙化、鹽漬化的，由縣級以上人民政府自然資源主管部門、農業農村主管部門依據職責責令限期改正，可以並處罰款；構成犯罪的，依法追究刑事責任。
《土地管理法》第七十八條農村村民未經批準或者采取欺騙手段非法占用土地建住宅的，由縣級以上人民政府農業農村主管部門責令退還非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。超過省、自治區、直轄市規定標準的，按非法占用土地處罰。
二、耕地房屋拆遷補償？
在耕地上建房屬於違章建築，違章建築沒有補償。行政強制拆遷應當嚴格依法進行。強制拆遷時，應當組織街道辦事處(居委會)和被拆遷單位代表到現場作為強制拆遷見證人，公證部門應當保存被拆遷房屋及其內容的證據。