如果分支機構長期不經營，不註銷業務，半年後可能被政府吊銷營業執照，法人被列入黑名單，影響信貸和貸款。取消後，必須在15天內註銷稅款，否則將面臨處罰。法定代表人和股東也會受到牽連，三年內不能在其他企業擔任高級職務。公司破產、長期不經營或未被非正常處理的，應盡快註銷。註銷流程包括工商公示和稅務處理。未按規定註銷的公司法定代表人將被限制註冊新公司。
公司的稅務風險管理；
1.稅務檢查風險:稅務機關可能會對經營時間不長的公司進行檢查，以確定是否存在偷稅漏稅的情況；
2.滯納金和罰款的風險:如果公司沒有按時報稅，可能會產生滯納金和罰款；
3.納稅信用記錄風險:長期未申報可能影響公司納稅信用記錄，對未來經營活動產生不利影響；
4.法律責任風險:根據相關法律法規，公司法定代表人可能對公司稅務問題承擔相應的法律責任；
5.清算責任風險:當公司解散或破產時，不處理稅務問題可能會影響清算進程，增加清算責任。
綜上所述，如果公司長期不經營，不及時註銷，不僅可能面臨政府吊銷營業執照、將法人列入黑名單等嚴重後果，還可能影響其法定代表人和股東的信用和今後的經營活動，甚至禁止其三年內在其他企業擔任高級職務，並且必須在撤銷後15日內完成稅務註銷，否則將受到處罰。因此，對於不再運營的公司，應迅速啟動並完成註銷流程，以避免失敗。
法律依據:
中華人民共和國公司登記管理條例
第六十七條
公司成立後無正當理由超過六個月未開業的，或者開業後連續六個月以上未開業的，公司登記機關可以吊銷其營業執照。