1，性質不同
雙方同意合同含義的合同。簡單來說就是互惠互利，然後把約定的事情定下來，說清楚，說明白，
在合作經營合同期限內，協議雙方經友好協商達成壹致後，可以簽訂補充協議，該協議具有同等法律效力。在履行本協議的過程中，如有任何分歧，雙方應盡最大努力通過協商解決。協商不成的，任何壹方均有權依法解決。
2.不同的效果
需要公證的協議，只是固定和強化了協議的效力。
而且合同當事人也沒有約定，所以不需要特別公證。壹般兩個合同或協議就夠了。本合同雙方各執壹份。如果有第三份副本，很可能會交給證人或第三方。這個作用也是為了加強合同或協議的效力，這是雙方同意的。
3.法律效力不同。
訂立協議的目的是為了從制度上甚至法律上更好地固定雙方在協議中承擔的責任。協議作為壹種能明確界定彼此權利義務的具有約束力的文件性文件，對雙方(或當事人)都具有約束力。它可以監督雙方信守承諾，約束自己的魯莽行為，其作用與合同基本相同。
簽訂合同的目的是平等主體的自然人、法人和其他組織之間民事權利義務的設立、變更和終止。婚姻、收養和監護等身份關系的協議適用其他法律。
百度百科-合同
百度百科-協議