1.合同印章遺失的，應向原核實刻制合同印章材料的公安部門報告，並在所在市以上公開發行的報紙上聲明原合同印章作廢；2、需重新刻制的，到公安機關指定地點補足合同印章；3.如果在工商登記部門或者開戶行預留了合同專用章，換個印章就行了。公章壹般是單位處理內外事務的印章。公司的公函、文件、報告均加蓋公章，加蓋公章的文件具有法律效力。合同章是簽訂合同的專用印章，兩者在簽訂合同時具有同等效力，只要是真實的。因此，公司在簽訂合同時，可以加蓋合同專用章，通過法律部門人員的審查，使合同生效，有效防止合同未經法律審查直接生效，更好地建立和完善合同套期保值制度，嚴格控制合同簽訂時的法律風險。
法律依據:
《民辦非企業單位印章管理規定》第三條民辦非企業單位取得登記證書後，必須向登記管理機關提交書面申請和印章式樣，憑登記管理機關出具的介紹信和登記證書到所在地縣、市(區)級以上公安機關刻制印章。第四條(四)民辦非企業單位印章遺失、聲明作廢的，可以按照本辦法申請重新刻制。重新雕刻的印章應該不同於原始印章。比如兩邊有橫線的五角星。
衍生問題:
合同蓋章需要備案嗎？合同章需要歸檔。如果沒有備案，就不能用。企業、事業單位、民政部門登記的民間組織、村(居)委會、議事協調機構、非常設機構需要刻制印章的，應當持上級主管部門出具的刻制證明和單位設立批準文本，向縣級以上地方人民政府公安機關申請辦理準刻手續。