1.除當事人另有約定外，申請專利的權利屬於研究開發人。如果研究開發者獲得專利權，委托人可以免費實施該專利。研究開發人轉讓專利申請權的，委托人可以優先接受該專利申請權。
2.除當事人另有約定外，申請專利的權利屬於合作開發的各方。壹方轉讓其專利申請權的，其他各方可以優先接受其擁有的專利申請權。合作開發的壹方放棄其專利申請權的，另壹方可以單獨申請或者與其他各方共同申請。申請人取得專利權的，放棄專利權的壹方可以免費實施該專利。但是，合作開發的壹方不同意申請專利的，另壹方或者其他各方不得申請專利。
3.委托或者合作開發的技術秘密成果的使用權、轉讓權和利益分配辦法由當事人約定。沒有約定或者約定不明確，依據《合同法》第61條仍不能確定的，各方均有權使用和轉讓。但是，受托研究開發的研究開發人在向委托人交付研究開發成果之前，不得將研究開發成果轉讓給第三方。
在技術轉讓合同中，當事人可以按照合理原則，約定實施專利和使用技術秘密的後續改進技術成果的分成辦法。合同沒有約定或者約定不明確的，當事人可以協議補充；不能達成補充協議的，按照合同中的有關規定或者交易習慣確定；根據合同的有關規定或者交易習慣仍不確定的，壹方後續改進的技術成果，其他各方不得共享，由後續改進方享有。
發展風險的負擔
在技術開發合同履行過程中，因不能克服的技術困難致使研究開發全部或者部分失敗的，風險負擔由當事人約定；沒有約定的，可以補充或者根據交易習慣確定；仍不能確定的，由當事人合理分攤。
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