1，繁簡的標準很難掌握。由於案件復雜與簡單的區分在立案初期很難把握，立案審查只是表面審查，有些案件看似簡單，但在審理中發現很多疑難問題。只轉入普通程序審理，簡單案件不簡單，影響簡單案件的審判效率。
2.發貨問題影響效率。簡易程序之所以簡單，是因為傳喚當事人簡單快捷，不受民事訴訟法相關期限和必要的送達限制。但是，由於法律在傳喚方式上沒有相應的制度保障，壹旦被傳喚當事人不配合、故意回避、拒絕出庭或者拒絕法院傳喚，接下來的程序就無法進行審理，也影響了簡易程序的效率。
3.法官的主觀能動性不高。由於簡化審理案件要求在45日內審結，法官在案件審理中並不積極適用簡化程序，且部分案件雖然適用了簡化程序，但此類案件在操作上不能與普通案件有明顯區別，可能導致審結延遲，影響評估。
4.監督程序沒有起作用。根據民事訴訟法，債權債務關系明確的糾紛，可以向法院申請直接向債務人發出支付令，比簡易程序簡單，無需經過訴訟程序。但是，目前適用監督程序的案件比例並不高。究其原因，與當事人對法律規定的無知有關，但也與法官的主觀因素、績效考核的撤案率、案件受理費的收取有關。
5.審判程序並不簡單。簡易程序的審判程序比較復雜，仍然按照查明當事人、告知其權利義務、法庭調查、法庭辯論、最後陳述、法庭總結等程序進行。這個總結不簡單，重復工作多。有些案件壹個法官就能定案，但還要提交審判委員會討論，有的還要請示上級法院，導致研究案件時間長，影響審判效率。