(1)工程建設監理是項目組織體系內平等主體之間的橫向監督管理，而政府工程質量監督是項目組織體系外的監督管理主體對項目體系內的建設行為主體的縱向監督管理。
(2)工程建設監理的實施者是社會化、專業化的監理單位，政府工程質量監督的實施者是政府建設部門的工程質量監督機構。工程建設監理屬於社會和民間的監督管理行為，而工程質量監督屬於政府行為。
(3)工程建設監理具有明顯的委托性，而政府工程質量監督具有明顯的強制性。
(4)工程建設監理的工作範圍由監理合同確定，可以全方位貫穿工程建設全過程，遠遠超出政府工程質量監督的範圍。
(5)他們在工程質量方面的工作也大不相同。第壹，工作基礎不壹樣。政府工程質量監督的依據是國家和地方政府頒布的相關法律、法規和強制性標準。工程建設監理不僅依據法律、法規、技術規範和標準，而且依據工程建設合同。第二，深度和廣度不同。工程建設監理開展的質量控制工作包括對工程質量目標的詳細規劃和壹系列綜合控制措施，不僅要實現全方位控制，還要實現事前、事中、事後的控制，並在工程建設的各個階段持續進行。政府的工程質量監督主要是在工程建設的施工階段，對工程質量進行周期性的監督、檢查和確認。第三，工作權限不同。第四，工作方法和手段不同。工程建設監理主要采用系統化管理的方法，從各個方面采取措施控制工程質量。政府工程質量監督更側重於行政管理的方法和手段。