1.是否具有法人資格，公司具有法人資格，而營業部沒有；
2.責任不同，公司承擔有限連帶責任，運營部承擔無限連帶責任；
3、規模不同，營業部的規模壹般比公司小；
4.繳納不同的所得稅。業務部門需要繳納個人所得稅，公司繳納企業所得稅。兩個稅不壹樣，壹般公司交的稅多，金額大。
大部分運營部門都是被批準催收的，公司壹般都是被審核催收的。壹般來說，商業部門由稅務機關根據其所在地、規模、員工人數等因素，按照其銷售的商品的預計銷售量進行征稅。無論當月收入多少，有無收入，都要按照固定稅額納稅。公司要求企業按申報收入納稅，小規模納稅人季度收入不超過9萬元可享受免稅優惠政策。
法律依據:《中華人民共和國公司法》第六條
設立公司，應當依法向公司登記機關申請設立登記。符合本法規定的設立條件的，由公司登記機關分別登記為有限責任公司或者股份有限公司；不符合本法規定的設立條件的，不得登記為有限責任公司或者股份有限公司。
法律、行政法規規定設立公司必須經批準的，應當在公司登記前依法辦理批準手續。
公眾可以向公司登記機關申請查詢公司登記事項，公司登記機關應當提供查詢服務。