理學院
馬克思主義學院(南通廉政研究中心、江蘇省中國特色社會主義理論體系研究中心隸屬於南通大學基地)
經濟管理學院(與江蘇長江經濟帶研究院合署辦公)
教育科學學院
教師教育學院(教師教育管理辦公室)
外語學院
化學與化學工程學院
生命科學學院(海洋學院)
機械工程學院
信息科學與技術學院(阿裏雲大數據學院、計算機科學與技術學院)(隸屬於ASIC設計重點實驗室)
電氣工程學院
紡織服裝學院
醫學院(護理學院)(附屬於臨床技能培訓中心)
公共衛生學院
體育學院
藝術學院(建築學院)
地理科學學院
交通與土木工程學院(交通學院)(附屬於交通工程研究院)
藥學院
國際教育研究所
張謇學院
柯彤微電子學院
神經再生重點實驗室(與神經科學系和神經再生協同創新中心合署辦公)
特殊醫學研究所(與海洋醫學系、海洋醫學研究所和疼痛醫學研究所設在壹起)
智能信息技術研究中心