然而，雅典民主也有其局限性。
第壹，雅典民主只是“成年男性公民當家作主”的政治制度，即雅典民主是城邦男性公民內部的民主——城墻內公民的民主，對公民的定義極其苛刻。有些人不能算作公民，比如有些奴隸、婦女、外國人等等。
第二，在雅典的民主政治中，有壹些貴族擁有最高權力。而且由於時間和經濟的限制，很少有人參加市民大會。而且參加公民大會的人文化素質參差不齊，審議效率低。公職人員雖然是選舉出來的，但是條件很多，降低了普通公民競選公職的可能性。
第三，法律制度有壹定的局限性。法律對犯罪的懲罰是不平等的。而且為了審判的效率，雅典實行壹審終審，判決就是終審。因為根本沒有上訴法院，法院壹審代表的是全體公民的意誌。
第四，制度的局限性。雅典的提案責任制嚴重阻礙了監督制度，復雜的提案程序在很大程度上剝奪了公民的提案權。雅典還實施了陶器流放法。陶片流放法原本是為了將那些公認的加害者驅逐出境，但它確實剝奪了只是嫌疑人的公民的辯護權，使他們無法有效表達自己的意願，甚至失去了公民權。
第五，雅典所有的行政官員並不是在某個行政首長的同意下組建政府的。所有任期不同的行政官員都由公民大會和其他機構直接選舉產生，對公民大會或其相應機構負責。因此，公民大會本身要處理許多具體的行政事務，很難將立法權和行政權分開。而且陪審法庭既行使司法權又參與立法，其主席可以管理城邦的事務，其權限劃分和設置是混合的。