主要職責:
貫徹執行國家、省、市有關衛生工作的法律、法規、規章和政策。組織制定衛生事業發展總體規劃並組織實施。統籌規劃衛生服務資源配置，指導基層衛生規劃的編制和實施。制定並組織實施促進基本公共衛生服務均等化、普惠化、可攜帶化和公共資源向基層延伸的政策措施。
牽頭深化醫藥衛生體制改革，落實深化醫藥衛生體制改革的重大方針、政策和措施，提出具體工作建議。組織實施縣域醫療衛生服務改革，深化公立醫院綜合改革，推進管辦分離，完善現代醫院管理制度。
加強公立醫院黨的建設，制定並組織實施促進公共衛生服務提供者和方式多樣化的政策措施，提出醫療服務和藥品價格政策建議。會同有關部門組織實施健康服務業發展政策措施，促進余杭特色健康服務業發展。
內部組織:
1，辦公室(政策法規科、行政審批科)
負責機關日常運行，並承擔文秘、信息、政務公開、信訪、會議、保密、檔案、安全、後勤等工作。組織起草綜合性材料和重要文件。
2.組織人事科
承擔機關及下屬單位的編制和組織人事工作。承擔退休人員的服務管理工作。指導行業系統黨建和群團工作。負責衛生系統幹部的管理。
3.職業發展和制度改革科
組織制定全區衛生發展規劃和資源配置標準。引領全區醫藥衛生體制改革。
4.財務審計和業績評價科
制定衛生經濟政策和財務管理規範，指導和推動公立醫院經濟運行機制改革。組織編制衛生保健資金投資計劃和本系統的預算、決算。
5.情報室
制定並組織實施衛生信息化建設規劃，統籌衛生信息資源，牽頭衛生信息系統項目建設，全面推進數字化改革、智慧醫療、“互聯網+醫療衛生服務”。