（1）高溫封閉棚法
利用太陽的能量烘烤棚子是壹種很好的土壤消毒方法。在夏季高溫季節，保護地栽培換茬時，將溫室密封，在土壤表面撒上碎稭稈（每667平方米700-1000公斤）和生石灰（每667平方米500公斤），並深翻30厘米，使稭稈、石灰和土壤混合均勻，然後將大壟裝滿水。並保持水層，蓋緊溫室，密封溫室15 ~ 20天。石灰遇到水時會釋放熱量，這使得稭稈腐爛並釋放熱量，再加上夏季炎熱的天氣和溫室保溫。棚內地溫白天可達55 ~ 60℃，25厘米深的土層溫度全天在50℃左右，半個月左右即可對土壤進行消毒除鹽。也可以單獨使用灌溉棚或生石灰棚，但效果比這種方法差。
②土壤施用生物菌有機肥的方法
仔細噴灑500 ~ 1000克生物菌（土壤生物菌接種劑，或奇多，或生物多效菌，或酵素菌等。）每667平方米（註意！噴灑後1周內不能噴灑任何殺菌劑），或向土壤中施用生物菌發酵的有機肥。通過上述方法施入土壤中的大量有益菌可以抑制和殺滅土壤中的各種有害微生物，防止土傳病害的發生。
③福爾馬林消毒法
翻耕土壤後，每平方米土地使用50毫升福爾馬林，加水10 ~ 12千克，或每平方米噴灑0.15千克福爾馬林溶液100次，然後用塑料薄膜蓋緊。7 ~ 10天後揭膜，翻土1 ~ 2次，使藥液揮發，3 ~ 5天即可栽培作物。
（4）藥土滅菌方法
每平方米使用50%多菌靈可濕性粉劑2g，50%甲基硫菌靈可濕性粉劑8g，或40%五氯硝基苯8g，加水2-3公斤，細土5-6公斤，可有效防治各種真菌病害。
⑤噴灑或澆水法
用噴霧器將96%惡黴靈3000倍液噴灑在土壤表面或直接灌施到土壤中，使藥液滲入土壤深層，殺死土壤中的病菌，預防苗期病害，效果顯著。
（6）
用蒸汽鍋爐加熱，通過導管向土壤輸送蒸汽熱能，提高土壤溫度，殺滅病原菌，從而達到防治土傳病害的目的。這種消毒方法需要復雜的設備，並且僅適用於經濟價值高的作物，並且在苗床上的小面積中應用。
此外，對於小地塊或苗床，還可以將配制好的培養土放在幹凈的混凝土地板、木板或鐵皮上，薄薄地鋪壹層，並在陽光下暴曬10 ~ 15天，這樣不僅可以殺死大量的病原菌和地下害蟲，而且還有很好的消毒效果。