(1)辦公室。負責文電、會議、機要、檔案等機關的日常運作；承擔信息、保密、安全、信訪、政務公開、宣傳等工作。
(2)政策法規司。起草水利地方性法規，研究制定水利工作政策；制定重點課題的研究計劃並組織實施；指導水利行政許可工作；承辦行政訴訟、行政復議和行政賠償。
(3)策劃部。制定水利發展中長期規劃，組織編制和審查全省大中型河流和重要地區的綜合水利規劃、專業規劃和專項規劃，協調流域開發；指導水利工程建設合規性審查，審查省重點水利工程項目建議書和可行性研究報告，負責省級水利投資計劃管理；承擔水利綜合統計工作。
(四)建設部(掛安全監管部牌子)。指導水利工程建設和管理，制定水利建設行業技術標準、規程、規範、定額並監督實施，組織水利工程監督實施，審批全省重點水利工程初步設計；指導水利建築市場的監督管理，負責水利工程咨詢、設計、監理、施工、檢測、造價、質量和安全監督管理；依法承擔水利行業安全生產工作，指導水庫、水電站大壩、堤防和海堤的安全監管，組織實施水利工程安全監管；組織和指導水利工程檢查。
(5)水利水土保持處(掛省水保辦牌子)。組織實施取水許可、水資源有償使用、水資源論證等制度；組織水資源調查評價，發布全省水資源公報；指導水量分配，實施水資源總量控制和定額管理，組織指導水功能區劃和水資源調度並監督實施，指導入河排汙口設置；指導飲用水水源保護、城市供水水源規劃和城市汙水處理回用等非傳統水資源開發，指導地下水資源開發、利用、管理和保護；指導水生態保護和修復；指導計劃用水和節約用水工作；組織實施水土流失監測、預報和公告；負責建設項目水土保持方案的審核、審批和監督實施以及水土保持設施的驗收；承擔省水資源管理和水土保持工作委員會辦公室的日常工作。
(6)財務審計局。編制省水利廳預算；指導和監督省級水利資金和直屬單位國有資產的管理；指導直屬單位的財務管理和會計工作，組織對直屬單位的經濟活動進行審計；承辦機構的資金；對水價、收費、信貸提出建議。
(7)科技外事辦公室。組織編制水利科技發展規劃，組織水利科學研究和技術推廣；組織制定水利行業技術標準、法規和規範並監督實施；負責國際合作與交流；管理相關學會。
(八)水利廳(掛省水利監察總隊牌子)。組織、指導和監督水行政監察和水行政執法工作。制定水利執法監督和案件查處的有關規定；監督檢查水利法律、法規、規章、規劃和行政許可的實施情況；協調和指導水事糾紛的處理，查處重大水事違法行為；組織和指導水利法制宣傳教育。
(九)人事教育處(掛離休幹部牌子)。負責機關及直屬單位的機構編制、人事管理、勞動工資、教育培訓等工作；負責直屬單位退休人員的管理和服務工作；指導全省水利隊伍建設。
直屬機關黨委。負責機關及直屬單位黨群工作。