公司的罰款既不合法也不合理。公司無權做出罰款決定，更不能隨便扣工資。對於違反規章制度的員工，公司可以采取警告等措施，防止員工再犯。公司無權做出罰款決定，更不能隨便扣工資。
對於違反規章制度的員工，公司可以采取警告等措施，防止員工再犯。員工遲到不會被罰款，但可能會被公司扣分，扣分是有壹定標準的。員工遲到未給用人單位造成直接經濟損失，用人單位無權扣除員工工資。或者員工經常遲到，可以視為嚴重違反勞動合同。公司可以解除勞動合同，不需要經濟補償。
實踐中，由於員工的過錯，公司可以要求勞動者賠償公司的經濟損失，但公司當月支付給員工的工資不能低於當地最低工資標準。公司不能懲罰員工，這違反了法律。勞動者對公司的質疑不滿，可以按規則簽訂合同，維護自己的合法權益。對員工的處罰也要符合公司的管理規定和保護規定。
公司系統可以隨意扣錢嗎？
1.只要公司基本制度的內容和程序合法，對公司全體員工具有約束力，如果公司員工對公司基本制度制定中存在的問題有相關意見，可以在全體員工大會討論相關制度時提出個人的意見和想法。
2.如果提案不被采納，公司制度被全體職工大會通過，員工不認可公司制度，可以與公司協商解除勞動合同。
法律依據:
工資支付暫行條例
第十五條
用人單位不得克扣勞動者的工資。有下列情形之壹的，用人單位可以扣繳勞動者工資:
(壹)由用人單位代扣代繳的個人所得稅；
(二)由用人單位代扣代繳、由勞動者個人承擔的社會保險費；
(三)法院判決、裁定要求扣繳的贍養費、扶養費；
(四)法律法規規定可以從勞動者工資中扣除的其他費用。