1.國家醫療保障局貫徹落實黨中央關於醫療保障工作的方針政策和決策部署，在履行職責過程中堅持和加強黨對醫療保障工作的集中統壹領導。主要職責是:起草醫療保險、生育保險、醫療救助等醫療保障制度的法規、政策、規劃和標準，制定部門規章並組織實施。組織制定和實施醫療保險基金監督管理辦法，建立健全醫療保險基金安全防控機制，推進醫療保險基金支付方式改革。組織制定醫療保障籌資和待遇政策，完善動態調整和區域調劑平衡機制，統籌城鄉醫療保障待遇標準，建立健全與籌資水平相適應的待遇調整機制。組織制定和實施長期護理保險制度改革方案。
2.組織制定城鄉統壹的藥品、醫用耗材、醫療服務項目和醫療服務設施的醫保目錄和支付標準，建立動態調整機制，制定醫保目錄準入談判規則並組織實施。組織制定藥品和醫用耗材價格、醫療服務項目和醫療服務設施收費等政策，建立合理確定和動態調整醫保支付醫療服務價格的機制，推動建立市場主導的社會醫療服務價格形成機制，建立價格信息監測和信息發布制度。制定藥品和醫用耗材招標采購政策並監督實施，指導藥品和醫用耗材招標采購平臺建設。
3.制定定點醫療機構協議和支付管理辦法並組織實施，建立健全醫療保險信用評價體系和信息披露制度，監督管理納入醫療保險範圍的醫療服務行為和醫療費用，依法查處醫療保險領域違法違規行為。負責醫療保障管理、公共服務體系和信息化建設。組織制定和完善異地就醫管理和費用結算政策。建立健全醫療保障關系轉移接續制度。開展醫療保障領域的國際合作與交流。完成黨中央、國務院交辦的其他任務。
4.功能轉換。國家醫保局要完善統壹的城鄉居民基本醫療保險制度和大病保險制度，建立健全覆蓋全民、統籌城鄉的多層次醫療保障體系，不斷提高醫療保障水平，確保醫保基金合理使用、安全可控，推進醫療、醫保、醫藥“三醫聯動”改革，更好保障人民群眾醫療需求，減輕醫療費用負擔。與國家衛生健康委員會的職責分工。國家衛健委、國家醫保局等部門加強醫療、醫保、醫藥等方面的制度和政策銜接，建立溝通協商機制，協同推進改革，提高醫療資源使用效率和醫療保障水平。