工程量清單是工程計價的基礎，其作用首先是為招標人或招標代理機構編制招標控制價/標底；其次，用於投標人報價，為投標人提供壹個公平統壹的競爭性投標平臺，這也是評標的基礎；第三，它是計算工程量的基礎；最後，工程量清單中的單價或總價是施工過程中支付工程進度款、核定和調整合同價款、辦理竣工結算和工程索賠的依據。因此，工程量清單非常重要，填寫工程量清單的單價和總價是標書和合同協議最重要的組成部分之壹。由於BOQ計價與傳統定額計價在計算規則上的差異，以及BOQ綜合單價範圍的界定，BOQ招投標還存在很多問題。
工程量清單招標的缺陷；
1.工程量清單編制中存在分部、分項層次不清，項目劃分界限模糊等問題。工程量清單的編制在技術上是壹個復雜而繁瑣的過程。在編制過程中，由於圖紙設計不清晰或編制人員素質不高，往往會出現分部分項層次不清、漏項或工程項目重復等現象。此外，對清單計價規範缺乏了解，可能導致分項界限模糊，最終給工程結算帶來壹定困難。
2.招標文件不公平
招標文件由招標人或其委托的中介機構編制。在招標文件中，為了維護招標人的利益，推卸其應盡的責任，減少其應承擔的風險，往往會規定“所附工程量清單僅供參考，投標人必須根據施工圖紙和現行規範自行核對工程量後報價”等不合理條款。這明顯違背了工程量清單規範中“招標人對工程量清單的準確性和完整性負責，投標時投標人不負責核實”的規定，體現了公平性，將本應由招標人承擔的風險轉嫁給了投標人。
3.施工單位只註重價格，不註重數量。
作為招標單位，業主承擔工程量清單準確性和完整性風險，投標人承擔價格風險。所以施工單位往往不關心清單的確定性，只關心投標價格。投標時主要精力放在清單報價上，而在圖紙審核上不夠努力，以至於無法發現圖紙中的問題，無法設計出合理的施工方案，進而無法報出合理的價格。如果工程量有明顯錯誤，不能及時向招標人提出並糾正，導致結算時雙方扯皮現象。
4.工程量清單招標為不平衡報價提供了機會。
再熟練的工程量清單也會有誤差，會造成個別工程量多多少少，給施工單位提供不平衡報價的機會。現在單子上的數量很少，以後肯定會增加的數量會虛報高價；現在的工程量清單工程量多，以後肯定會降低報價，以至於據實結算時單價會因量變而不變，給施工企業帶來畸形利潤。
5.在評標過程中，很難準確把握“經評審的最低價”。
工程量清單招標過程中壹般采用“經評審的最低投標價”法，其核心內容是“經評審的最低投標價”。如何計算投標人工程造價，沒有任何標準，只能由評標人員主觀判斷。因此，為了使招標工作順利、安全地進行，評標人員最終確定的中標人往往是最低投標價，而不是評標後的最低投標價。
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