第壹，公司以營利為目的，合作社是壹種互助經濟組織。合作社是以農戶承包經營為基礎，同類農產品的生產經營者或同類農業生產經營服務的提供者和使用者自願聯合、民主管理的互助性經濟組織。其目的是為會員提供購銷、加工、運輸、倉儲、技術、信息等服務，使會員共同進入市場，形成聚合的規模經濟，從而節約交易成本，增強市場競爭力，提高經濟效率，增加會員收入。因此，合作社的主要目的是為其成員提供服務，盡管合作社也可能在提供服務的過程中獲利。當然，合作社作為重要的市場主體之壹，也是對外經營，需要盈利的，但這不是其主要目的，對外經營和盈利從屬於為其成員提供服務。
第二，會員體系不高。雖然股東加入公司和成員加入合作社是自願的，但合作社的所有者和使用者是壹致的，即成員加入合作社是利用組織提供服務；在公司制度下，所有者和使用者是分離的，股東不需要使用公司的服務。比如購買農業生產資料的合作社成員，就是想通過合作社購買質優價廉的農資的農民；農資經銷公司的股東是想經銷農資的人，他們自己不想用農資。再比如，農產品銷售合作社的所有者是提供農產品的農民，而農產品銷售公司的股東本身不壹定提供農產品。
第三，辦合作社的門檻比辦公司低。《農民專業合作社法》對合作社的出資規定非常寬松，農民可以向合作社出資，也可以不向合作社出資。然而，公司有最低註冊資本要求。
四、公司股東不能抽回出資，合作社實行“退出合作社自由”的原則。公司法不允許股東在公司成立後抽回出資。妳只能把公司的股份轉讓給別人。而合作社則實行“退出自由”原則，但不能將其出資和社員資格轉讓給他人。