(2)上下系統不統壹。目前“上下不和”的特殊體制導致區市場監管局的業務受兩個上級局的監督和指導。上級部門往往同時布置多項任務和工作，任務時有重疊。在壹定範圍內，政治問題多，上下不銜接，事務復雜。基層單位疲於應付，導致工作落實、業務銜接、職能整合不暢，影響政令暢通和基層執行。
(3)執法程序不壹致。目前，原工商、質監部門以個人名義實施行政處罰，辦案程序、法律文書、辦案制度沒有統壹標準，導致執法標準不壹致，未能有效發揮綜合執法效能。而且壹些執法程序不完善(如企業登記中註銷的程序，至今SAIC也沒有出臺相應的註銷程序和文書)，導致基層綜合執法人員只能依靠經驗、借鑒行政處罰程序和文書、自行修改創新來使用相關文書，造成各局之間程序不壹、文書種類繁多、缺乏規範性。
(四)信息系統不統壹。機構合並了，但相關部門內部功能，如登記、案件調查、信用監管、文書處理等業務軟件不兼容，案件信息和質量信息不能充分享受。合並後的市場監管局、工商所辦公系統、綜合業務系統都運行在內網上，無法與質監部門的系統軟件互聯。省市政務服務大廳“壹窗受理、壹體化服務”改革中，相關企業註冊平臺設在市局，無法與政務服務大廳互聯互通，導致部門企業註冊未納入全區“壹窗受理、壹體化服務”改革，對外割裂。
(五)執法主體地位不明確。市場監管局成立後，監管執法任務增加，辦案領域拓寬。但相應的法律法規沒有及時廢止，導致其執法主體地位沒有法律化，責任邊界模糊。基層工作人員在主體身份、執法程序等方面沒有法律依據，在發證、監督執法等方面處於被動，存在很大的職業風險。
法律依據:
中華人民共和國信息公開條例
第七條各級人民政府應當積極推進政府信息公開工作，逐步增加政府信息公開的內容。
第八條各級人民政府應當加強政府信息資源的標準化和信息化管理，加強網上政府信息公開平臺建設，推進政府信息公開平臺和政務服務平臺整合，提高政府信息公開網上處理水平。
第九條公民、法人和其他組織有權對行政機關的政府信息公開工作進行監督，並提出批評和建議。