1.刑罰適用制度的變化
清代法家薛在對唐明兩法進行比較研究後，在《唐律》卷九中指出:“壹般說來，唐律重於明律；說到賊寇和錢糧之類的東西，明法比唐法更重要，還可以看世態炎涼。”在這裏，他把明律刑適用制度的壹個重大變化概括為“重其重罪，輕其輕罪”。
首先，為了鞏固和加強君主專制制度，凡直接危及其統治的嚴重罪行，如謀反、造反等，明律都比唐律處罰更重。比如唐律區分不同情節，我以謀反叛國罪斬首。父親和16歲以上的兒子扭，15歲以下的兒子和他的母親和女兒，妻子，孫子，兄弟，姐妹等。都不是政府的奴婢，還有叔叔、哥哥的兒子等旁系親屬流三千裏；“言不能動人，權不足以領人”，我斬首，父子，母女，妻妾流三千裏；“妳要反著說，妳心裏沒有真正的計劃，卻什麽也找不到。”我只流兩千裏。[11]明法采用重罪加重處罰原則。“凡密謀謀反謀反者，不論先從，壹律處死於年。祖父、父親、兒子、孫子、兄弟、同居者都是不同的姓氏，叔伯、兄弟的兒子不限同異，年滿16歲都要砍頭，不論疾病殘疾。未滿十五歲，母女，妻妹，若子妻妾，交英雄家為奴”[12]，且不論不同情況。再比如搶劫罪。《唐律》不僅區分了是否得錢、偷了多少錢，還區分了是否持槍、是否殺人，給予了不同的處罰:剝奪錢財者處以兩年，得錢傷人者處以絞刑，殺人者處以斬首；持杖者不準發三千裏財，得五塊錢，傷人者斬首。明律規定，凡已無法賺錢的強盜，杖壹百，流三千裏；但是那些發財的人，不管第壹次服從，都是被斬首的。明律的量刑顯然比唐律嚴厲得多。
其次，對於倫理道德違法行為，明律輕於唐律。若祖輩在此，子孫互異，唐律壹年而已，明律壹百年而已；當我聽到我父母哀悼的時候，我沒有哀悼。唐律流兩千裏，明律六十年，也不過壹年。
2.懲罰制度的變化
明律仍規定五刑制，但五等徒刑分別增補60至100棒，三等流放分別增補100棒。此外還增加了年終、流放、枷刑等法外酷刑。
淩遲的刑罰是最重的死刑，也叫切寸，俗稱“千塊”。年號作為壹種刑罰，始於五代，宋元時期繼續使用。明代的五刑雖然沒有列入這個名稱，但是法律條文中有13條罪名，這是明代廣泛使用的酷刑。
流刑起源於宋代的刺配刑。明初只是把犯人發配到邊疆開荒種田，後來逐漸成為常規刑罰。充軍刑的分布地點從四千裏到壹千裏不等，每個地方都有壹百根棍子。放逐有兩種:終身和永遠。終身意味著我被放逐至死，死刑執行完畢；永遠意味著後人將被放逐軍中，直到“丁竭”。
枷是強迫罪犯在監外或官職前戴上大枷，對其進行羞辱和折磨的刑罰。始於唐末，宋元時期廣泛使用。明代枷的刑期有壹、二、三、六個月和永遠，枷的重量從十幾斤到幾十斤不等。這種刑罰本來是用來懲罰輕微罪行的，但是有些宦官，比如吳宗師在位的劉瑾，為了對付政敵，經常用重達150斤的大枷把人折磨致死，受害者多達數千人。