目前我國房產稅稅基窄，征收面不廣。具體來說，房產稅征收範圍主要限於城市和工礦區。在壹些城鄉結合部，同壹條街的企業，壹邊需要繳稅，另壹邊不需要。另外，房產稅只對企業擁有的房產征收，其他房產不征收。個人自住的房屋不征收房產稅，即使是富人擁有的多套房產。車船稅征收的對象主要限於在車船管理部門登記的車、船，對火車、輕軌、地鐵、飛機等交通工具不征稅。而且車船稅強調的是對使用的車船征稅，而不是對擁有的車船征稅，這就大大縮小了稅基。
2.計稅依據不科學
我國現行房產稅主要以房產原值為計稅依據，以歷史成本為基礎，與市場嚴重脫節。尤其是近幾年，房地產價格大幅上漲。按房產原值而不是市值征稅，不僅大大減少了稅收，也違背了公平原則。征收房產稅的另壹個依據是房屋租金，但納稅人可能不如實申報租金，難以征收。車船稅主要是對使用中的車、船征收，其計稅依據主要是車輛數量、載重噸位和車船凈噸位，忽略了車船的現有價值。土地稅采用固定稅率。例如，城鎮土地使用稅稅率為30元每年每平方米0.6-1，這與日益增長的土地價值明顯不符。隨著土地制度的改革和土地市場的開放，地與地之間的收入差距越來越突出。固定稅率的使用不僅減少了財政收入，也降低了資源優化配置的有效性。
3.雙重征稅和無稅並存。
重復征稅和稅種並存的現象表現在兩個方面。壹方面對財產的保有和使用征稅，同時也對財產的流轉征收高額的稅收負擔。例如，房地產開發商的收費項目很多，幾乎占開發成本的30%至40%，導致樓價普遍較高。另壹方面，性質相近的房產稅是對同壹納稅人征收的。比如，我國現行房產稅中，土地稅有兩個稅種:耕地占用稅和城鎮土地使用稅。中國房產稅制度的奇怪之處在於，既有上述的重復，又有稅種的缺位。最嚴重的缺位是財產稅、遺產稅、贈與稅還沒有征收。遺產稅和贈與稅是動態財產稅的重要組成部分，其主要功能是促進收入公平和分配公平。在目前貧富懸殊，高收入階層不斷壯大的情況下，開征遺產稅和贈與稅是非常必要的。
4.稅收行政效率低下。
我國實行分稅制，即根據中央政府和地方政府的事權，確定相應的財權，所有稅收在中央和地方之間劃分。比如消費稅、關稅、車輛購置稅由中央稅務系統征收，營業稅、個人所得稅、土地使用稅、房產稅、車船使用稅、契稅由地方稅務系統征收。從上面的分類可以看出，房產稅是由地方政府征收的。但地方政府只有征管權，沒有立法權。房產稅的制定權、解釋權、稅基決定權、稅目和稅率調整權、減免稅權都是中央政府享有的。這不僅難以適應房產稅的地域特點，也不利於調動地方政府的積極性，降低行政效率。此外，稅收征管配套設施不完善也是效率低下的重要原因。目前，我國的不動產登記制度非常不完善，缺乏對納稅人不動產的全面登記管理。此外，房地產管理部門與稅務部門合作程度低，難以有效管理稅源，大量稅源流失。
5.稅收負擔是不公平的
我國房地產稅分散在不同稅種，稅收優惠政策復雜。