1899年，蘇丹成為“英埃行政區”，實際成為英國殖民地。自1902以來，英國當局壹直在醞釀蘇丹南北分治。到1939年，《南方禁區法》頒布，英國殖民者在法律上正式確認了南北分治的政策。英國殖民當局通過在政治、經濟、文化、宗教等方面的壹系列分而治之的政策，阻礙了蘇丹南北民族之間的交流。二戰後，英國煽動南方親英人士要求南北分治，反對與北方組建統壹的蘇丹民族國家，並企圖將南蘇丹並入英國的“東非聯邦”或獨立建國。南蘇丹問題由此產生。
高壓政策激化矛盾
1956年蘇丹獨立後，歷屆政府對南方的歧視和高壓政策激化了南蘇丹問題，導致了持續多年的南北兩次反對喀土穆中央政府的內戰。
1958-1964、執政的阿布德軍政權對南方實行專制強權政策，激起了南蘇丹人更加強烈的分離主義情緒和武裝抵抗活動。1969年上臺的內梅利政府審時度勢，對南蘇丹采取了明智的綏靖政策，給予南方內部自治，促成對立雙方於1972年在亞的斯亞貝巴達成和解協議，南北第壹次內戰停止。
然而十年後，內梅雷政府打破亞的斯亞貝巴協議，犯下壹系列重大錯誤，包括剝奪南方自治權，推行“重北輕南”的經濟政策，強迫南方“伊斯蘭化”。特別是在20世紀80年代，在Muglad盆地的Abu Yei地區發現了壹個大型油田，該地區正好位於蘇丹北部的南科爾多法省和蘇丹南部的北加紮勒河省之間。石油資源的發現立即使雙方分歧升溫，導致1983年南北內戰再起。南蘇丹成立了蘇丹人民解放運動(SPLM)和蘇丹人民解放軍(SPLA)，與喀土木政權進行了長達11年的浴血奮戰。
經濟合作成為和平的保證。
65438年至0994年，在東非政府間發展組織的倡議下，蘇丹政府開始與SPLM進行政治談判，並在美國的直接幹預下取得突破。2005年，蘇丹政府與SPLM簽署《全面和平協議》，與南方勢力成立蘇丹民族團結政府，結束了當代非洲持續時間最長的內戰。內戰造成約200萬人死亡，約400萬人流離失所。根據《全面和平協議》，在6年過渡期結束後的2011年，南方舉行全民公投，決定南方的最終地位。
分析人士認為，雖然蘇丹南北之間仍然存在民族和宗教矛盾，但經濟發展已經將南北緊密聯系在壹起。特別是《全面和平協議》簽署後，通過過渡政府的磨合，南蘇丹和北蘇丹在經濟和政治方面已經相互依存。特別是在油氣資源領域，蘇丹南部雖然石油豐富，但缺乏煉油設施和向國外輸送石油的管道。北方控制著石油產業鏈，但是沒有石油。這種差異決定了南北分離後需要加強合作，這將是南北未來和平的重要保障。