農村土地占用問題是涉及農民權益和土地資源的重要問題。農民發現自己的土地被非法占用，應該向哪個部門舉報？1.向當地土地管理部門投訴。
土地管理部門負責農村土地使用的管理和監督。當農民發現他們的土地被非法占用時，他們可以向當地土地管理部門投訴。該部門將根據相關法律法規對占用土地的行為進行查處。
第二，向公安機關報案
如果占用土地涉及非法行為，如非法轉讓、倒賣土地或暴力行為，那麽農民可以向公安機關舉報。公安機關將依據相關法律法規對占用土地行為進行查處，並采取相應措施。
向當地政府投訴
地方政府是農民的直接上級領導，對農村土地管理負有監管責任。當農民發現他們的土地被非法占用時，他們可以向當地政府投訴。政府將根據相關法律法規對占用土地的行為進行查處。
綜上所述，當農民發現自己的土地被非法占用時，應向當地土地管理部門、公安機關或當地政府投訴。這些部門將根據相關法律法規處理土地占用問題，以保護農民的合法權益。
法律依據:
《中華人民共和國土地管理法》第七十四條規定，違反本法規定，占用耕地建窯、建墳，或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采礦、取土，破壞種植條件，或者因土地開發造成土地沙化、鹽漬化的，由縣級以上人民政府土地行政主管部門責令限期改正，可以並處罰款；構成犯罪的，依法追究刑事責任。
《中華人民共和國刑法》第二百二十八條非法轉讓、倒賣土地使用權罪以牟利為目的，違反土地管理法規，非法轉讓、倒賣土地使用權，情節嚴重的，處三年以下有期徒刑或者拘役，並處或者單處， 處以非法轉讓、倒賣土地使用權價款5%以上20%以下的罰款； 情節特別嚴重的，處三年以上七年以下有期徒刑，並處非法轉讓或者倒賣土地使用權價款百分之五以上百分之二十以下罰金。