省級層面尚未建立古生物化石保護管理的地方性法規體系，尚未制定古生物化石保護規劃。《地質遺跡保護管理條例》和《古生物化石保護管理條例》明確要求，各級政府應當開展古生物化石資源調查，發布並實施古生物化石保護規劃。2006年，省人民政府制定的辦[2006]54號文件明確提出，“重要古生物化石產地的縣級以上國土資源管理部門應當會同同級文物管理部門編制本行政區域古生物化石保護規劃，報同級人民政府批準後實施。地方人民政府應當按照《中華人民共和國自然保護區條例》(國務院令第167號)的有關規定，對大型或者集中出現的重要古生物化石，設立古生物化石自然保護區。”然而，這項工作至今尚未全面開展。
在具體的市縣行政層面，雖然重要化石產地保護水平較高，但由於缺乏專項保護資金、管理機構和執法隊伍，很多地方難以有效落實古生物化石的保護和管理。古生物地質遺跡自然保護區和地質公園的管理機構還不健全，管理體制還沒有完全理順，管理職能還沒有完全落實。目前，省級以下的保護點主要由地方管理實施。由於防護的不連續性和不連續性，存在潛在的損壞危險，單壹的防護體系難度較大，效果也不理想。特別是有關古生物化石的法律法規不健全，難以與公安部門建立共同責任機制，難以聯合執法，有效打擊和遏制盜掘走私古生物化石現象。