1，全面合法原則。企業內部控制中的稅務風險管理首先應以法律文件、行業標準和監管部門的監管要求為依據，確保其合法性。如果企業的制度設計違反了法律，內部控制的運行就會失效，從而導致企業的不良發展，使企業陷入困境。
2.制衡原則。企業內部控制中的稅務風險管理體系要求企業在業務流程、權限分配、機構設置和治理結構上形成相互制約、相互監督的關系，同時企業還需要兼顧經營效率。監督檢查部門在企業內部控制中的持續獨立性是保證企業內部控制中稅務風險管理監督檢查公平公正的前提。
3.遏制原則。是指在設計企業內部控制中的稅務風險管理體系時，任何壹項的完成都必須由兩個或兩個以上相互制約的部門共同完成。授權原則要求企業在稅務風險管理的基礎上，結合企業具體的操作規則和流程，根據崗位的不同需求，賦予每個員工不同的任務、職責和權限。
4、協調原則。企業內部控制中的稅務風險管理需要運用協調與合作的原則。為了避免扯皮和脫節的現象，稅務風險控制活動必須與企業各部門密切配合，以減少企業的內耗，保證企業經營的連續性和有效性。為了使企業稅務風險控制工作順利進行，其基礎是協調合作原則。
5.成本效益原則。成本效益原則是指企業在稅務風險管理過程中，應力求低成本高收益的控制效果。企業在稅務風險內部控制過程中應遵循成本效益原則，以確保經營過程中的收益大於其成本，體現稅務風險管理的價值。如果稅收風險控制活動的成本大於它給企業帶來的收益，那麽控制活動就是不經濟的。
6.關鍵監控原則。對作用大、影響面廣的關鍵點進行控制，是企業的重點監控原則。在稅務風險內部控制過程中，企業應抓住已投入大量精力、影響範圍廣的重要點，不需要花費過多的時間和精力去控制影響有限的壹般控制點。