事實上，檢察機關根據犯罪事實、對社會的危害程度和認罪悔罪情況提出從寬處罰建議，人民法院在作出判決時壹般應當采納人民檢察院指控的罪名和量刑建議，但被告人不構成犯罪，或者不應當追究刑事責任，或者違背本人意願認罪，否認被指控的犯罪事實的除外， 或者被指控的罪名與人民法院審理的罪名不壹致，有其他可能影響公正審判的情形。
檢察院不認罪認罰的處理方法如下:
(1)如果被告不認罪，法院也會根據庭審和證據做出判決；
(2)被告不認罪，表示態度惡劣。證據足以證明犯罪事實的，加重判決；
(3)被告人不認罪，證據和審判不能證明很多犯罪事實或疑點，法官會保守判斷。
法律依據:
刑事訴訟法
第壹百四十五條規定，對有被害人的案件作出不起訴決定的，人民檢察院應當將不起訴決定書送達被害人。被害人不服的，可以在收到決定後七日以內向上壹級人民檢察院申訴，請求提起公訴。人民檢察院應當將復查決定告知被害人。人民檢察院維持不起訴決定的，被害人可以向人民法院提起訴訟。受害人也可以不經上訴，直接向人民法院提起訴訟。