(1)辦公室
負責協調機關政務工作，制定機關工作制度；負責文電、機要文件、檔案、信訪、會議、接待、督查、政務信息、保密等工作；負責政務公開和新聞發布工作；負責辦公設備和車輛管理；聯系受托管理的海外辦事處；指導機關服務中心的工作；負責事業單位財務和資產管理，指導和監督下屬事業單位財務和資產工作。
(2)政策法規部(研究室)
研究新型工業化的戰略問題；組織研究工業和信息化發展對策，提出政策建議；組織起草工業和信息化地方性法規、規章和綜合性政策文件；指導系統普法和行政審批制度改革；負責本機關規範性文件的合法性審核；負責審查執法單位委托的執法主體資格，監督執法；推進中小企業法律服務體系建設；承辦相關的行政復議和行政訴訟。
(3)綜合辦公室
綜合分析工業經濟形勢，提出相關政策建議；參與工業經濟信息網絡建設和信息收集、分析與研究；指導大企業培育和企業直接融資，負責中小非公企業上市培育；參與企業深化改革和信息化建設的相關工作；承辦工業和信息化對外合作與交流的相關事務。
(4)發展規劃辦公室
研究提出工業和信息化中長期發展規劃和投資政策建議；制定產業投資和重大產業建設項目規劃，推動產業結構優化調整和產業升級，促進光電、石化、生化、軟件和信息服務等新興產業發展；按照規定權限負責工業和信息化固定資產投資項目的審批、核準和備案，承擔相關投資管理工作；協調推進重大工業建設項目的實施。
(5)工業政策辦公室
組織制定工業和信息化發展產業政策的實施辦法；提出產業結構優化和產業與相關產業融合發展的政策建議，擬定產業調整目錄，制定相關產業準入條件並組織實施；負責汽車行業產業政策的具體實施；綜合指導工業和信息相關行業協會等社會中介組織。
(6)經濟運行部
監測分析工業和信息化運行情況，分析行業形勢，發布相關信息；擬訂調控行業經濟運行的規劃，提出政策建議並組織實施；協調解決行業運行發展中的有關問題，綜合平衡生產經營要素；協調推進銀企合作，引導企業扭虧增盈、開拓市場；建立健全產業預警機制，提出國家和省儲備物資動用建議，承擔產業應急管理、產業安全和國防動員相關工作；引導行業加強安全生產管理、安全生產信息管理和宣傳教育。
(7)電力安全辦公室
負責電力運行的監測、預測和協調，提出電力運行的政策措施建議；制定並組織實施電力運行應急預案，監督電網調度，協調解決電力運行中的有關問題，保障電力運行安全；負責電力行業的電力運行和行政執法；組織實施煤電調度，承擔電力需求側管理；推進電力工業結構調整，組織實施大用戶直供和礦電結合。
(8)交通物流部
配合和協調綜合運輸計劃的實施，負責協調鐵路重點物資運輸和應急客貨運輸；監測和分析工業物流企業運行情況，制定工業物流企業發展的相關政策措施並組織實施，引導和促進工業物流企業發展；制定汽車更新政策和行業規劃，負責報廢汽車回收的監督管理。
(9)原材料工業局(雲南黃金管理局)
負責鋼鐵、有色金屬、黃金、稀土、石化、化工、建材、農藥等行業的管理；承擔原材料工業發展的監測和分析，研究原材料市場動態，協調原材料工業發展中的重大問題，促進原材料工業結構的調整和優化，提出行業發展報告和建議，編制專項發展規劃，制定原材料工業經濟技術政策和技術標準；承擔農業化學品行政保護的相關工作；承擔《禁止化學武器公約》履約的組織協調工作，負責中緬油氣管道及煉油基地建設項目協調服務領導小組辦公室的日常工作。
(10)裝備工業司
負責通用機械、專用設備、電子信息設備及制品、汽車、民用船舶、軌道交通機械制造等行業的管理；提出重大技術裝備發展和自主創新規劃的政策建議並組織實施；依托國家和省重點項目，協調實施重大項目，推進重大技術裝備國產化；監測和分析裝備工業發展，制定專項發展規劃，研究產業政策，提出行業發展報告和建議。
(11)消費品工業司
負責輕工、紡織、家電、燃料乙醇等行業的管理；承擔消費品工業發展監測和分析，提出行業發展報告和建議，制定專項發展規劃、行業規範和技術標準及相關政策並組織實施；推進行業科學技術研究和成果應用推廣，組織實施紡織行業重大項目。
(12)食品和藥物工業司
負責食品藥品的行業管理；承擔行業發展監測分析工作，提出行業發展報告和建議，制定促進行業發展的專項發展規劃和相關政策措施並組織實施；推進生物制藥科學技術的研究和應用，組織實施行業重大項目；承擔中藥材生產扶持項目管理和國家藥品儲備管理。
(十三)鹽務管理局(雲南鹽務管理局)
負責鹽業行政管理；制定鹽資源和鹽業發展規劃及年度產銷計劃並組織實施；負責鹽業行政執法，指導和監督各級鹽務管理工作；負責鹽業統計分析和食鹽儲備管理；負責碘鹽產品、添加劑、標簽和包裝的監督管理；承辦鹽業相關行政復議和行政訴訟。
(14)工業園區辦公室
組織制定工業園區發展規劃和政策措施，推進工業園區建設和科學布局；實施重點工業園區管理，促進產業集聚和企業集群發展；指導工業園區軟環境建設和招商引資；承擔產業園區發展監測分析，提出發展報告和建議，協調解決園區發展中的重大問題。
(15)技術創新部
指導企業的技術改造、技術創新和行業質量管理，編制企業的技術改造和技術創新規劃及新產品開發計劃，制定政策措施並組織實施；組織協調關鍵技術突破和重大技術引進消化吸收，推動高新技術產業發展，促進先進適用技術推廣應用，促進產業升級、工業化和信息化融合；負責企業技術創新體系建設，企業技術中心的認定和評估，負責監督新產品和新技術的認定；指導企業的質量管理；促進企業技術創新和產學研結合；培育工業品牌，實施企業知識產權戰略。
(16)節能處(雲南省節能減排領導小組節能辦公室)
參與制定節能規劃，制定工業和信息化節能政策和年度節能計劃；負責工業和信息化節能工作並組織協調相關工作，提出行業節能專項和資金規劃安排意見；負責本行業固定資產投資項目的節能評估和審查，組織實施本行業重大節能示範工程和新產品、新技術、新設備的推廣應用；承擔行業節能產品能效標識管理工作；制定行業主要產品能耗限額和考核標準，負責行業節能監察，組織行業節能宣傳和培訓。
(十七)資源綜合利用。
參與制定資源綜合利用和清潔生產促進計劃，制定工業、信息化、環境和資源協調發展的政策措施，制定工業和信息化資源綜合利用、清潔生產和循環經濟促進政策，並組織實施；負責資源綜合利用企業(含電廠)的認定、監督和指導；組織協調行業資源綜合利用重大示範工程和新技術、新產品、新設備、新材料的推廣應用。
(十八)中小企業司
指導中小企業和非公有制經濟發展，監測分析發展趨勢，協調解決重大問題；會同有關部門制定促進中小企業和非公有制經濟發展的相關政策措施；促進中小企業專業化生產和對外交流合作，引導中小企業結構優化和產業升級；負責雲南省加快非公有制經濟發展領導小組辦公室的日常工作。(十九)企業服務體系。
負責提出中小企業和非公有制經濟社會化服務體系和信用體系建設的政策措施，推進體系建設；引導中小企業和非公有制經濟創業培訓、公共信息、融資擔保、技術創新、維權平臺建設；協調處理非公有制經濟經營者的投訴，維護中小企業和非公有制經濟經營者的合法權益；組織、協調、督促、檢查企業減負治亂工作。
(20)網絡與信息資源管理辦公室
負責電子政務和信息資源的統籌規劃和組織管理；負責電子政務網絡和政府信息資源庫建設，編制電子政務建設年度計劃並組織實施；促進政府信息資源的開發、利用和共享，指導和協調政府信息公開工作；組織協調電子政務網絡基礎設施、公共應用系統和平臺的建設；組織和指導電子政務應用推廣和績效評估；協調和推動電信、廣播電視和計算機網絡的融合；配合網絡環境和信息治理發展。
(二十壹)信息推廣辦公室
指導和推進信息化工作，編制信息化產業規劃和電子政務專項規劃並組織實施；協調信息化建設中的重大問題，協助推進重大信息化項目；指導和協調電子政務、電子商務和社會信息化發展；協調跨行業、跨部門的互聯互通和重要信息資源的開發利用；推進信息技術普及應用，促進信息化和工業化融合；引導和促進軟件、系統集成和信息服務業的發展。
(22)信息安全協調辦公室
協調信息安全保障體系建設；協調推進信息安全等級保護等基礎工作；牽頭制定信息安全檢查辦法並組織實施，對政府部門和重點行業的重要信息系統和信息網絡的安全進行指導和監督；承擔信息安全應急協調工作，協調處理網絡與信息安全重大事件。
(二十三)無線電管理處
負責起草無線電行業發展規劃及相關專項規劃和行業技術標準；編制無線電頻譜規劃；負責無線電頻率的劃分、分配和指配；依法監督管理無線電臺(站)，發放無線電許可證，管理無線電發射設備和場地資源，組織無線電監測；協調無線電通信的緊急支援；協調處理軍地之間無線電管理相關事宜，負責邊境地區無線電管理和外事工作。
(二十四)無線電監督檢查辦公室
負責無線電管理行政執法和監督檢查；承辦有關無線電管理的行政復議和行政訴訟；負責無線電電磁環境保護的綜合管理和協調工作；協調電磁幹擾的處理；配合無線電安全穩定維護；依法組織實施無線電管制；負責專項資金預算，管理派出機構固定資產。
(二十五)煤炭行業管理辦公室
負責提出煤炭工業發展的政策措施；依法整頓煤炭生產經營秩序，負責煤炭經營資格證書的頒發；負責煤炭行業的統計、分析和信息發布；負責開辦煤礦的審批；指導煤礦基礎管理工作，組織煤礦瓦斯治理和瓦斯等級鑒定，負責煤礦生產能力核定，指導質量標準化煤礦建設。
(二十六)煤炭生產安全技術改造部門
負責煤炭資源整合和煤礦整頓關閉，組織指導煤礦生產和技術改造，負責審批煤礦技術改造項目；負責頒發煤炭生產許可證；負責煤礦建設項目設計審批；負責煤炭建設項目工程質量認證；引導煤炭工業技術創新和進步，推進煤炭工業技術創新體系建設；負責煤礦安全隱患的排查治理並監督整改落實，參與重大煤礦安全事故的調查處理。
(二十七)煤炭企事業單位管理處
負責頒發煤礦礦長資格證書；指導煤礦企業員工的安全培訓工作；擬訂煤炭工業體制改革、企業改革和專業技術人才培養的政策措施；深化煤炭企業改革，引導煤礦改革發展，培育大中型煤炭企業集團；負責指導省煤炭行業直屬企事業單位的管理工作。
(二十八)人事部
負責機關及直屬單位的機構設置、人事管理和隊伍建設；指導工業和信息化人才隊伍建設和管理幹部培訓；負責機關及下屬單位的外事管理工作。
黨委
負責機關及直屬單位黨群工作。
退休人員辦公室
負責機關及直屬單位離退休人員工作。