縣級以上農業行政主管部門負責本行政區域內的農業環境保護工作，履行下列主要職責:
(壹)宣傳和貫徹國家有關農業環境保護的法律、法規和政策；
(二)制定農業環境保護的長遠規劃和年度計劃；
(三)開展農業環境質量調查和監測，對農業環境質量進行預測和評價；
(四)組織和引導農業生產者正確使用化肥、農藥、農膜等農用化學品，推廣生態農業，開展農村能源綜合利用，發展農業環保產業，開發無公害農產品；
(五)負責農業環境汙染事故和汙染糾紛的調查處理，保護農業生產者的合法權益；
(六)宣傳和普及農業環境保護知識，組織農業環境保護科學研究，推廣農業環境保護的先進經驗和技術；
(七)監督農業環境汙染項目的管理，依法查處違反本條例的行為；
(八)法律法規規定的其他職責。
農業行政主管部門可以依法委托其所屬的農業環境保護監測機構實施行政處罰。
縣級以上土地、水利、林業、地質礦產、化工、鄉鎮企業等行政主管部門，應當按照各自的職責做好農業環境保護工作。第七條縣級以上農業行政主管部門有權對本行政區域內的農業環境汙染和破壞事故進行現場檢查。被檢查的單位或者個人必須如實反映情況，提供必要的資料。
因農業生產自身原因造成的農業環境汙染事故，由縣級以上人民政府農業行政主管部門調查處理；因工業汙染、城市生活汙染和其他汙染造成的，由農業行政主管部門會同環境保護行政主管部門查處。第八條縣級以上農業行政主管部門應當加強農業環境保護監測，建立健全農業環境保護監測網絡，定期組織農業環境質量監測和評價。
縣級以上農業環境保護監測機構應當積極向農業生產經營者傳授農業環境保護知識和技術，開展農業環境保護咨詢和技術服務。第九條農業行政主管部門應配備專職或兼職農業環境檢查員，具體履行農業環境監督管理職責。
農業環境監察員從熟悉農業環境保護業務和環境保護法律法規的人員中遴選，經考核合格後由省級農業行政主管部門頒發執法證。
農業環境檢查人員執行公務時，應當出示統壹的執法證件。
農業環境監察人員在職權範圍內依法開展農業環境監察工作，有關單位和個人應當為其提供便利，不得妨礙其執行公務。
農業環境檢查人員應當為被檢查的單位和個人保守技術和業務秘密。第十條對農業環境有影響的建設項目，環境影響報告書中應當有農業環境影響專題。環境保護行政主管部門在審批環境影響報告書時，應當征得同級農業行政主管部門的同意。第十壹條禁止在農田和農業水源附近棄置、堆放固體廢棄物。在農田以外的農用地棄置或者堆放固體廢棄物，必須征得農業行政主管部門同意，按規定辦理用地手續，並采取防滲漏、防流失、防散落措施，防止汙染農業環境。第十二條向農田灌溉渠道或者漁業水體排放工業廢水和城市汙水，必須保證就近灌溉取水點的水質或者就近漁業水體的水質符合農田灌溉水質標準或者漁業水質標準。
應當采取有效措施，防止排放廢氣、煙塵、粉塵和廢渣對農業環境的汙染。第十三條向農業生產者提供的農藥、化肥和城市垃圾、汙泥等肥料，必須符合國家有關標準。