我國行政訴訟法第1條明確規定:“為了保證人民法院正確、及時審理行政案件，保護公民、法人和其他組織的合法權益，維護和監督行政機關依法行使行政職權，根據憲法，制定本法。”從該條可以看出，司法權與行政權的關系在我國行政訴訟法中定位為維護與監督，“維護”在前，“監督”在後。此外，從《行政訴訟法》和《最高人民法院關於執行
首先，行政訴訟法中關於行政訴訟受案範圍的相關規定，將人民法院可以受理的行政案件限定為影響相對人人身權或者財產權的具體行政行為，排除了抽象行政行為、內部行政行為和侵害相對人其他權益的行政行為。受案範圍有限，必然導致司法權對行政權的監督乏力。
其次，《行政訴訟法》第五條規定由人民法院對行政行為的合法性進行審查，從而排除了人民法院對行政行為合理性的審查，使得司法機關的審查往往局限於形式，無法深入審查實質問題。事實上，由於大量行政自由裁量權的存在，大多數行政行為是合法的，也是不合理的。對於這種行政行為，可能在本質上已經侵犯了相對人的某些合法權益，但司法機關卻因為不屬於司法審查範圍而無法提供救濟。有限的監督深度使得司法權對行政自由裁量權無能為力。
第三，《行政訴訟法》第四十四條規定訴訟的執行不得中止，這也反映了司法權在行政權面前的無能為力和監督不力。錯誤行政行為的執行可能給相對人帶來難以彌補的損失，而訴訟不中止的規定極大地削弱了司法權的救濟功能，事後的賠償或補償有時也無法彌補相對人的損失。
第四，《行政訴訟法》第54條關於司法變更權的規定。司法機關只在“行政處罰彰顯正義”的條件下享有司法變更權，這是非常有限的。而這種有限的司法變更權在實踐中並不理想。事實上，由於行政機關的強勢和司法機關自身的局限性，這種有限的司法變更權很少被適用。
此外，在實際操作中，還存在行政權超越司法權的現象。壹種情況是客觀越權，即由於造法的原因，將壹些本應專屬於人民法院的權力授予行政機關。例如，在行政復議、行政仲裁、行政機關調解民事糾紛等行政行為中，行政機關行使的實質是司法管轄權。另壹個典型的例子是，本應由公安機關向人民法院申請勞動教養和原收容遣送決定權，然後由法院決定是否采取相關措施，現在卻繞過法院，由公安機關按照行政程序直接作出決定。另壹種情況是主觀越權，即由於行政機關的主觀故意而越權行使司法權的現象。比如有些地方有壹個不成文的規定，所有的行政案件都要經同級人民政府同意才能立案，但實際上只有那些行政機關可能勝訴的案件才會被允許立案。
第二，我國行政訴訟中司法權與行政權關系的現狀分析
1.法律規範的理由——行政程序法帶有深刻的時代烙印。
新中國行政訴訟制度發端於20世紀80年代初，真正起步於80年代中期。直到《中華人民共和國行政訴訟法》(1990)實施，才正式形成獨立的體系。但當時行政訴訟制度的出臺並沒有明確成熟的理論支撐，只是承認了公民對行政機關部分行政行為的起訴權，將憲法第41條規定的公民批評、申訴、控告、檢舉的壹系列權利制度化、具體化。但在當時的歷史背景下，如何落實公民的訴權，如何處理行政訴訟中司法權與行政權的關系，並沒有深入的思考。事實上，自清末以來，就有人開始關註外國行政訴訟制度。然而，晚清學者認為，西方的繁榮是擁有先進社會制度的結果。為了救亡圖存，他們把西方的制度人為地分割成幾個可以為中國社會服務的部分，而不是從中國的實際出發尋找壹個合適的制度。此外，學習的初衷仍然是為了使“滿洲永固”，這無疑與西方行政訴訟制度“限制行政權力，保障人民權利”的價值目標相違背。這些都導致中國從西方引進的行政訴訟制度長期水土不服，無法適應中國社會的特殊情況，從而為司法權與行政權的沖突埋下了種子。
2.具體制度設計存在缺陷。
我國具體制度上的設計缺陷也是造成司法權和行政權尷尬局面的原因之壹。
首先，朝廷的人、財、物都受制於同級政府。人民法院作為國家機關，也是由壹定數量的工作人員和財產組成的，與其他國家機關沒有區別。沒有人員和財產的支持，法院根本無法運轉，更不用說行使不了司法權。但在現行體制下，這些都是受制於人的，從人事任免到辦公經費到生活設施無壹例外。因此，在現行體制下，考慮到各種因素，法院不敢“得罪”這些擁有極大總自由裁量權的行政機關，甚至不得不取得同級政府的支持才能順利辦案。我國行政訴訟制度最突出的問題是行政審判受到過多的外界幹擾，特別是行政保護主義的幹擾，這從行政訴訟受案數量有限、撤訴率高、勝訴率不理想就可以明顯看出。
其次，行政法官隊伍缺乏保障。行政審判不同於民事審判和刑事審判，有其自身的特殊性:行政訴訟解決的是因具體行政行為引起的糾紛以及作出具體行政行為的行政機關與行政相對人之間的糾紛，在行政領域往往具有較強的專業性和技術性，往往涉及行政自由裁量權的行使。行政審判的目的和功能是實現司法權對行政權的監督，但以公平價值為先的司法權監督必然會在壹定程度上影響行政權的效率，甚至可能影響行政權的自治。在我國，大多數行政法官沒有從政經驗，缺乏相應的行政和技術素養，這在壹定程度上進壹步限制了行政審判的效率。
第三，完善我國兩權關系體系的建議
1.區分行政訴訟中的事實問題和法律問題。
法國是行政法的母國，也是現代行政法的發源地。法國行政法的發展是隨著行政法院的產生和發展而逐漸成熟的。長期以來，法國行政法院拒絕審查作為行政決定依據的事實問題，認為這些問題屬於行政機關的自由裁量權，不屬於法院的管轄範圍。隨著行政訴訟的發展，行政法院對行政行為合法性的審查逐漸擴展到對事實問題的審查。但在行政法院的審判活動中，法律問題和事實問題還是會區別對待。行政決定沒有事實依據或者性質錯誤的，法院將判決撤銷行政行為；當行政行為違反法律時，法院會根據不同的情況做出不同的判決。雖然英美法系在許多法律傳統和規則上與大陸法系有很大不同，但在美國的司法審查中，法院也會對法律問題和事實問題區別對待。對於法律問題，法院的審查範圍更廣，相應的權力也更大，甚至可以用法院的法律結論代替行政機關的法律結論。事實上，法院壹般尊重行政機關的自由裁量權，不會以法院的司法認定代替行政機關的裁定。中國可以借鑒相關規定。
2.加強法院特別是法官的獨立性，可以借鑒法國，建立獨立的行政法院制度。
行政訴訟是基於司法權對行政權的監督和制約，其理論基礎在於三權分立和司法獨立。考慮到行政審判的特殊性，建立壹個獨立的行政法院來監督政府行政行為的合法性，使其在法官招聘和司法審查制度上完全獨立於行政機關甚至普通法院，顯然可以解決長期以來依法獨立審判的要求與行政審判屢受幹擾的矛盾。壹方面，設立獨立的行政法院可以保證行政法院有獨立的人財物系統，使行政法院有能力排除行政對系統的幹預；另壹方面，有助於加強輿論對行政審判的監督和評價，防止司法腐敗。而且將行政法院作為獨立主體，有利於增強行政法官的凝聚力，從整體上強化排除行政幹預、維護司法獨立的意識。
3.加強法官對行政業務的認識和了解，在行政訴訟法官隊伍中增加壹定數量的行政專家。
通過對各國行政訴訟制度的研究可以發現，各國行政訴訟普遍強調法官的獨立性，以保證法官在案件審理中不受行政機關或其他外界因素的幹擾。但是，法國的行政訴訟有其自身的特點——政府參與。政府專員就事實和法律問題對行政訴訟案件進行全面審查，並提出自己的判決意見。在法國，在法庭審判中，除了參與訴訟的法官，還有來自行政集團的法官。壹個案件是經過多次調查研究，結合法律專家和行政專家的意見決定的。這邊走。法官只在自己擅長和熟悉的領域做出判決，顯然更能保證審判質量。
而在我國，行政權長期處於強勢和主導地位，這顯然不適合政府人員參與行政訴訟；但是，由於行政事務的技術性和專業性要求，必須吸收壹定數量的行政人員參與行政訴訟。因此，筆者認為，可以結合我國的實際情況，吸收壹些行政專家，包括行政學者和在行政機關工作過，有壹定行政經驗的人。這樣可以增強行政法官對行政業務的整體認識，從而提高審判效率。