自治縣人民政府將二三道溝飲用水水源保護納入國民經濟和社會發展規劃，並與國土空間規劃、水汙染防治規劃和水資源綜合規劃相銜接。
自治縣人民政府生態環境保護部門應當會同發展改革、公安、自然資源、住建、水利、農業、文化旅遊、衛生、林業、草原等主管部門，做好二道溝飲用水水源的保護工作。第六條自治縣人民政府將二道溝飲用水水源保護經費納入本級財政預算，設立飲用水水源保護、生態補償、監督管理等專項資金。第七條任何單位和個人都有義務保護飲用水水源不受汙染。
自治縣人民政府生態環境保護部門應當設立飲用水水源保護監督舉報電話，各有關部門應當建立協同處理機制。
自治縣人民政府和主管部門對保護水源做出顯著成績的單位和個人給予表彰和獎勵。第二章監督管理第八條自治縣人民政府和主管部門應當積極采取措施，保障縣內居民獲得安全、純凈、優質的飲用水。
壹級水源保護區的水質標準不得低於國家規定的地表水環境質量標準的ⅱ類標準，並符合國家規定的生活飲用水衛生標準的要求。
二級水源保護區的水質標準不得低於國家規定的《地表水環境質量標準》ⅲ類標準，並保證壹級保護區的水質符合規定的標準。
準保護區的水質標準應當保證二級保護區的水質能夠達到規定的標準。第九條自治縣人民政府生態環境保護部門對飲用水水源保護區的汙染防治實施統壹監督管理，履行下列職責:
(壹)貫徹執行國家有關飲用水水源保護的法律法規和相關政策；
(二)會同發展改革、公安、自然資源、住建、水利、農業、文化和旅遊、衛生、林業和草原等部門。，制定水源環境保護和汙染防治規劃，經自治縣人民政府批準後實施；
(三)會同水利、衛生等部門建立統壹的飲用水資源、水環境監測預警系統，實時監測和記錄水質等水環境信息；
(四)統壹發布水汙染事故、水質等環境監測信息；
(五)依法查處保護區內新建、改建、擴建排汙口的違法行為；
(六)依法查處排放汙染物和其他影響飲用水水質的違法行為；
(七)會同其他部門處理飲用水水源保護和管理的重大問題；
(八)法律法規規定的其他職責。第十條自治縣人民政府水利部門對飲用水水源保護區的水資源和水工程實施統壹監督管理，履行下列職責:
(壹)會同發展改革、環保、住建、衛生等部門編制水源安全保護規劃，經自治縣人民政府批準後組織實施；
(二)在保護區內實施取水許可，制定和下達年度取水計劃；
(三)負責水源地的水文監測和水文信息發布；
(四)管理和維護保護區內的水利設施，搞好水土保持；
(五)水資源的合理配置、枯水期或重大幹旱等。，不能滿足取水要求的，應當優先保證飲用水取水；
(六)法律法規規定的其他監督管理職責。第十壹條自治縣人民政府林業和草原部門負責保護和管理飲用水水源保護區的水源涵養林和植被，改善水源保護區的生態環境，提高水體自凈能力。第十二條自治縣人民政府自然資源主管部門負責飲用水水源保護區自然資源開發利用的監督管理，地下水超采及其引發的地面沈降等地質問題的監督管理，嚴格執行水源保護區土地和空間用途管制政策。第十三條自治縣人民政府公安部門負責飲用水水源保護區內危險化學品運輸車輛的道路交通安全管理。