本辦法所稱汙水處理廠運營單位，是指依法取得環境汙染治理設施運營資質，開展汙水處理廠生產、運營和管理的單位。第四條市、縣(市)、區人民政府(含開發區管委會)全面負責本轄區的汙水處理工作。
市、縣(市)環保部門負責轄區內汙水處理廠運行的監督管理。
發展改革、建設、財政等主管部門應當根據各自職責，依法做好汙水處理廠運行的監督管理工作。第五條汙水處理廠建成後，建設單位應當向環境保護主管部門申請試運行。
自試運行之日起三個月內，建設單位應當向環境保護主管部門申請環境保護竣工驗收。第六條運營單位應當按照有關規定，建立保障汙水處理廠正常運行的生產管理、安全管理、水質檢測等相關制度，制定安全運行應急預案，保障汙水處理廠穩定正常運行。第七條汙水處理廠應當安裝符合國家或者地方規定的集中控制系統，並在進水口、出水口和重點水處理構築物安裝水汙染物排放自動監控設備。
水汙染物排放自動監控設備應當分別與汙水處理廠中央控制系統和環境保護主管部門監控中心聯網。第八條水汙染物排放自動監控設備應當依法檢定。運營單位應當按照操作規程使用和維護水汙染物排放自動監控設備，不得擅自拆除、閑置、改動或者損壞，確保正常運行。第九條汙水處理廠排放水汙染物，不得超過國家或者地方水汙染物排放標準和重點水汙染物總量控制指標。第十條汙水處理廠產生的汙泥參照危險廢物進行管理，實行汙泥轉運制度。
汙水處理廠轉移出汙泥時，應當填寫轉移聯單，禁止汙泥運輸單位和處理處置單位接收無轉移聯單的汙泥。第十壹條運營單位應當建立生產經營、重點水汙染物減排臺帳。按月記錄用電量，按日記錄主要設備運行狀況、處理水、進出水水質、汙泥產生和處置情況，按月向環保主管部門報告。
環境保護主管部門應當根據運行月報和日常監督檢查情況，對汙水處理廠運行情況出具月度審核意見。第十二條汙水處理廠運行經費納入市、縣(市)、區(含開發區)財政預算。
實行汙水處理廠運行資金撥付和汙水處理廠運行制度。財政部門根據環境保護主管部門出具的汙水處理廠運行審核意見，核實汙水處理廠運行資金是否足額撥付、減免或暫停。第十三條對完成汙染物排放總量控制目標和減排任務成績突出的運營單位，由市、縣(市)、區人民政府(含開發區管委會)按照年度給予獎勵和補貼。第十四條運營單位應當保證汙水處理廠的正常運行，不得擅自拆除或者閑置水汙染物處理設施。
汙水處理廠水汙染物處理設施不能正常運行時，運營單位應當及時維護，並在故障發生後八小時內向環境保護主管部門報告。
因維護檢修確需停止汙水處理廠水汙染物處理設施運行的，運營單位應當提前十五個工作日向環境保護主管部門提出申請，經批準後方可停止維護檢修，並在規定時間內恢復正常運行。
因突發事件導致汙水處理廠停運的，運營單位應當及時啟動安全運行應急預案，並在兩小時內向環境保護主管部門和當地人民政府(含開發區管委會)報告。
汙水處理廠恢復正常運行後，運營單位應當在五個工作日內向環境保護主管部門提交書面報告。第十五條有下列情形之壹的，縣(市)、區人民政府(含開發區管委會)和市政府有關部門應當制定汙水處理廠運行應急保障措施，並及時組織實施，確保汙水處理廠正常運行:
(壹)汙水處理廠建成後，沒有運營單位的；
(2)運營單位退出；
(三)因違法行為被取消運營單位資格的；
(四)因突發事件導致汙水處理廠關閉的。第十六條違反本辦法規定，有下列情形之壹的，由環境保護主管部門依照《中華人民共和國水汙染防治法》和《中華人民共和國固體廢物汙染環境防治法》的有關規定予以處罰:
(壹)未按照規定安裝水汙染物排放自動監控設備或者與環境保護主管部門監控中心聯網的；
(二)排放水汙染物超過國家或者地方水汙染物排放標準，或者超過重點水汙染物排放總量控制指標的；
(三)未按照規定處置汙泥的；
(四)非正常使用水汙染物處理設施，或者未經環境保護主管部門批準，拆除、閑置水汙染物處理設施的。