鑒於我國政府性基金基本立法的缺失，政府性基金法律制度框架依然模糊，成為當前政府性基金改革面臨的最大制度障礙。對政府基金法律制度的系統研究應著眼於政府基金法律制度的基本框架和構建。政府基金法律制度的構建主要在於壹般法律層面，需要在政府基金法律制度內部更好地實現財政立法、經濟立法和行政立法的耦合。根據政府性基金的基本運行邏輯和財稅法學的相關理論，政府性基金法律制度可分為設立制度、征收使用制度、監管制度和爭議解決制度等基本方面。政府資金設立制度關系到政府資金的產生，也是政府資金籌集、使用和監管的邏輯前提。政府基金的設立原則、程序、範圍和基本要素構成了政府基金設立制度的基本內容。政府基金的設立應主要遵循法定設立和明確授權、互補性、財務公平性和定期審查的原則。
政府基金設立程序的實質是立法程序。實現政府性基金設立的法制化，需要按照合法性原則清理現有政府性基金項目，規範現行政府性基金的申請和審批程序。政府基金的設立範圍應在形式上體現政府基金與稅收等其他金融工具的功能邊界，在實質上體現政府、市場、社會之間的必要分工。現有的政府基金設立範圍需要相應完善。政府基金的基本要素是微觀意義上的政府基金項目的內部構成，與宏觀意義上的政府基金總體設立範圍相對應。壹般來說，至少應包括政府性基金的基本要素，如征收主體、征收群體、征收對象、征收標準等。政府資金的征收和使用實現了在財政層面建立政府資金制度的目的，是政府資金日常管理的基本方面。與公眾接觸最密切，容易發生糾紛。它屬於政府資金監管的主要對象，在政府資金法律體系中處於最核心的地位。
政府性基金征收制度主要包括征收主體和征收程序兩個方面。使用制度是財政支出層面的制度，要重點關註使用的原則、範圍和主體。會計系統和國庫系統是實現政府會展資金日常管理的輔助系統，可以納入政府資金收繳和使用系統的範圍來研究。政府資金監管制度應主要指向與政府資金日常管理相關的行政行為或行政過程。當前，政府性基金監管存在監管制度法制化程度低、外部監管不足、監管實效差、公眾參與不足、監管民主程度低等突出問題。重構政府性基金監督體系，需要立足法治原則，強化外部監督，強化代表機構民主監督和公眾參與，中介監督和理性監督並重，著力完善政府性基金預算監督制度和審計監督制度。政府性基金糾紛的主要類型是行政糾紛，以非抽象糾紛為主。
從財政民主和憲政的發展趨勢來看，由於財政制度、司法制度和政府性基金制度本身的局限性，現有的政府性基金糾紛解決機制需要重構。要實現政府性基金糾紛解決機制的重構，首先要完善前置程序，強化協商、調解和復議機制。其次，應拓展訴訟機制的作用，在完善壹般行政訴訟機制的基礎上構建公益行政訴訟，解決政府資金領域的抽象和客觀糾紛，並合理考慮金融領域的特殊性，及時構建相應的特殊金融訴訟。最後，要構建憲法(法律)控制機制，解決政府資金的憲法糾紛，實現對政府資金的憲法(法律)控制。
對政府基金具體制度的系統考察和分析是研究政府基金立法的基礎。目前，政府基金立法是必要的，也是可行的。政府性基金立法應堅持法律保留、綜合協調、公正優先、兼顧效率三個基本原則，著力解決政府性基金立法的層次定位、制度安排、價值定位等基本問題。選擇基本法的立法模式，構建政府性基金法律體系，需要著眼於政府性基金基本立法的內在邏輯，協調好政府性基金基本立法與財稅、政府性基金立法與特定領域政策立法的關系。